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现在只是击败了刘良佐的几千绿营兵，可是南京杭州还有八旗兵绿营兵数十万啊！若是清兵倾力前来，仅凭城外的这些崇明军能挡住清兵进攻吗？
肯定是挡不住的，只要稍加思考就知道仅凭刘肇基所部几千人根本应付不了满清大军的进攻，除非越国公倾崇明之力前来救援。可是越国公会倾力前来吗？从目前的态势来看，阎应元认为不会，越国公任思齐不可能为了江阴这座小城投入全部的力量。对任思齐来说，能派出几千人拨出大量钱粮来支援已经不错了。
此时任思齐从嘉定撤回崇明的消息已经传了过来，既然任思齐能放弃嘉定，能放弃松江，同样能放弃江阴。阎应元从刘肇基的作为能看出崇明军根本没有坚守江阴的决心。
其实阎应元在来江阴之前，就知道一座小小的江阴城根本扛不住清兵的攻打，最后肯定是城破人亡的下场。可是死又如何？若是听着清廷的命令剃头倒是能活下来，可那样的话活着还不如死了！身体发肤受之父母岂能剃去？所以明知来江阴就是一死，阎应元还是慨然而来，义之所至虽死而不悔！
既然来到江阴，既然外力不足为凭，那唯有自救！集全城人力武力，竭力守城，争取守更长的时间，争取给清兵造成最大的伤害，向整个江南整个大明发出呐喊：在举国皆降之时，还有人在抵抗！
明白了目前的严峻形势之后，阎应元立刻开始着手布置城守事宜。分派将领训练士兵，演练防守之策。针对清兵可能的攻城方式征调物质、制作各式武器，城内外的木石大量的被运到城头，征调全城的石灰制成灰瓶，命令城内的匠户造火药，造火砖木銃，造火球火箭，造弓弩箭矢。
在阎应元的命令下，全城的军民紧张的忙碌了起来，在为未来肯定会发生的大战积极做着准备。
江阴城人心之齐，准本的守城手段之多，让参加过扬州之战的沙千里都叹为观止，在给任思齐的密信中，极力称赞阎应元之才。而阎应元对沙千里同样很看重，因为江阴城内乡兵虽有数万人之多，可真正有战斗力的却只有沙千里所部崇明军。阎应元多次拜会沙千里，请求沙千里能够派出手下，帮助训练乡兵。对于阎应元的请求，沙千里慨然应允，派出得力的手下担任教官，开始训练起乡兵来。崇明军的练兵方法自然不同凡响，只是十来日的功夫，原本是乌合之众的乡兵阵容焕然一新，隐隐然有了军队的样子。
就在阎应元带领全城军民积极备战之际，刘肇基带领四千军队追着刘良佐的屁股杀到了常州。
按说刘良佐主力骑兵尚存，又有从江阴撤离的三千多步兵，实力不再刘肇基之下，完全可以停下来和刘肇基打上一仗，胜负还未可知。可问题是兵败之际，诸军只知道奔逃，刘良佐根本没有逃亡中重整军队的能力，而刘肇基追得又紧，根本不给他喘息的功夫。
当刘良佐逃进常州城之时，他手下仅剩八百余骑兵，其他步兵都在逃亡中不知去向。
常州知府宗澋看到刘良佐狼狈的样子，大惊失色，慌忙派出信使往南京求援，私下里偷偷在整理行李，若是常州守不住好逃出生天。
刘肇基一路追亡逐北，硬仗没打上几个，因为根本没有绿营兵敢停下来抵抗，俘虏倒是抓了不少，从江阴到常州一路上抓了逃不动的绿营步兵数百人。刘肇基不愿带这些累赘，不顾监军陈生的劝阻下令悉数杀之。
常州是座府城，城池远比江阴更为高大，刘肇基手下只有四千余人，根本没有攻打城池的能力，而刘肇基也根本没有打算攻城。
刘肇基带领驻军在常州城外，威慑城内的清兵，分出一营士兵，在监军陈生的带领下一路攻略向南，先后攻破武进、宜兴两县。
武进宜兴是常州的属县，县里只有一些衙役百余兵丁，再加上城中百姓都心向大明，如何是一营崇明军的对手。还未等崇明军攻城，就有城中少年杀掉守城的士兵打开城门迎接崇明军入城。
陈生入城之后，杀掉降清的官绅，查抄其家产，把库房的钱粮物质并查抄的家产装运上船，源源不断的向江阴方向运回。
而在常州城外的刘肇基也没闲着，他率军就驻守在常州城外的运河边，把运河上的来往船只统统拦截下来，只数日的功夫就缴获了无数的物质。大运河是江南的动脉，连通最为繁华的杭州苏州，江南数十万清兵的给养物质官府的钱粮税赋统统都要由运河运送，每日里来往于运河上的船只数以百计。运河一被截断，当即引的江南一片大震，消息传到南京，满清豫亲王多铎气得把心爱的青花茶盏摔了个粉碎。
刘肇基的明军就驻扎在城外的运河边，如鲠在喉，常州城中刘良佐喘息了过来，这才意识到大事不妙。现在自己已经不是明军了，而是投降了满清，再像以前那样不战而逃已经不行了。就这次的战败来说，豫亲王肯定不会轻饶了自己。
不行，必须得想法自救！
可是跟着自己逃进常州的手下不足千人，城内虽然还有一些绿营兵，可战斗力都不值一提，自己该怎么办才行啊？前些时日的战斗，崇明军的链弹攻击已经吓破了刘良佐的胆子，他从来没有见过如此犀利威力如此之大的火炮，现在让他出城去和崇明军作战可万万不敢，就算他敢，他的这些手下也肯定不会听命。
可是要不能戴罪立功的话，豫亲王多铎肯定不会饶了自己，刘良佐左思右想，实在想不出应对之策来。进，不能击败崇明军，退，不能保住性命，我到底该怎么办呀？至于投降城外崇明军，刘良佐想都不想，据逃回城中的士兵所述，投降的士兵悉数被杀。