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心中有了想法，吴可立即派人调查，结果让他很不高兴。
居住于两广地区的回民数量并不是很多却也不在少数，十来万数量却是有的，
跟陕甘回民遭遇到的情况差不多，散居于两广地区的回民也受到官府还有闽江双重苛待，回汉以及回民与官府之间的关系极为紧张，至于没闹出什么乱子来，主要还是因为回民数量太少的缘故。
虽然心中有些不爽，同时也很担心陕甘的回民叛乱风潮波及到两广，让他对居住在两广的回民有所防范，但是有些规定成俗的东西不是他想干涉就能干涉得了的，回汉之间的矛盾不是两句好话便能消弭于无形的。
一些官员总是希望把歧视性的法规扩广到更大的范围，例如朝廷原本规定在回民结伙持械行窃案中，案犯不得存留养亲，回民结伙斗殴中一般人犯是可以申报存留养亲的。道光六年（186年）陕西巡抚在审理回民糜锡等共殴致人身死一案时，拟将从犯回民糜虫受儿充军，虽其亲老丁单，不得存留养亲，连刑都都觉得此举过于严厉，“回民结伙共殴拟军之犯，本不在不准留养之例，且回民结伙共殴拟军之例；原系因该回民等犷悍成风，动辄争殴，故罪较凡斗加重，并非罪大情重，法无可逭之犯”，因而否决了陕抚的建议，应准予糜虫受儿存留养亲。
在实际生活中，官府偏袒汉民，欺压回民的事屡见不鲜，一些汉族士大夫也颇有感慨，“向来地方官偏袒汉民，凡争讼斗殴，无论曲直，皆抑压回民”，“官吏既袒汉民，又以回之易与也。辄任意出入其法，回众杀汉者抵死，汉杀回者，令偿敛银二十四两”，最后连紫禁城里的皇帝也不得不承认这一事实：“该回民等久隶中华，同受国家覆育之恩，含毛贱士二百余年，其间登仕版者，亦复不少，岂无天良？何至甘为叛逆？推原其故，始则由地方官办理不善，遇有互斗等事，未能持平办妥，以致仇衅日深。”
严酷的法律再加上不公正的司法，回民的生活如雪加霜，认识到这一也就不难解释各地回民频频叛乱的原因了。
这样的情况不仅在陕甘地区普遍存在，于两广的回族居民也是同样如此，只不过两广地区的回民数量实在太少，根本就掀不起任何风浪，这才没闹出什么乱子来，不然有吴可头疼的时候。
尽管如此，吴可也不敢大意，吩咐地方官府严密监视当地回民，同时要求他们不要对回民太过苛刻，免得过犹不及引起乱子。
他不得不心，这段时间大清境内回民实在太过活跃，陕甘回民叛乱引起的乱子甚至惊动了朝廷，云南回民也不肯清闲，跟新任云贵总督劳崇光打得热火朝天不可开交。
两广眼下的局面十分稳定，经济发展欣欣向荣，百姓生活水平正以看得见的速度提高，他可不想在这时候闹出什么内乱来。
于是，不知不觉中居住在两广的回民惊讶发现，他们生活的环境一下子和善起来，之前与他们争锋相对的汉民突然变得老实了，而可恶的官府在判案时，也没做得像之前那般过分。
他们不知道这是怎么了，还担心了一阵子生怕这是汉人和官府的阴谋。不过时间一长他们就放下了这种担心，慢慢适应周围改善的生活环境，心中的怨气尤在却不似之前那般浓烈。
而且两广此时发展日新月异，经济局势更是蒸蒸日上，所有官民百姓都全身心投入赚钱大业之中，没多少人有心情和精力摆弄一些鸡毛蒜皮的事，也间接替官府消弭了不少可能的矛盾冲突。
随着与左宗棠的频繁书信往来，通过左宗棠的关系吴可知道更多陕甘回民叛乱的内情，越是如此他的心情也越发沉重。
陕甘回民叛乱，少不了当地团练武装的‘贡献’！
朝廷摆明了的歧视性政策，以及回汉两族之间不公平的待遇，使得地方民团武装面对回民时无比嚣张霸道。团练的肆意妄为抢，劫杀人，是激起回民叛乱的重要原因。
同治元年，“圣山砍竹”事件后，团练无赖到秦家村放火抢，劫杀人。导致当时华州、华阴两县回民大举叛乱。
四月十九日，捻匪至渭南赤水镇，华州团练约集华阴乡团合力堵贼。迨华阴乡团齐集华州，询及华州回汉砍竹跶架之事，因而团练中有无赖者，忽起抢劫回民之念，然难以为辞。遂声言回民将作捻匪内应，必先除内患，然后再堵匪贼。二华团众，即寻至华州之秦家村。
秦家村者，系华州回民居住之一所也。团众直至秦家村，声言‘回民造反，必先剿洗！’而秦家村回民自知无罪，苦口哀求，团众坚执不允，登时将秦家村放火烧毁，任意抢，劫。团众此时，心满意足，饱载而归。恐回民之鸣于官而治其最也，又于各处飞递传单云‘陕西不留回民，天意灭回！必将回民歼除净尽，回房烧毁不留！’
各处见传单后，助粮助兵。有不从者，仍以烧房杀戮为令。遂致回民居住不安，逃避无处，绝无生理，拼命相争。
左宗棠在写给吴可的信中，认为回民起事实由汉人激变，团诱民变，汉激回乱。这里所的汉人是指地主团练，他认为回民叛乱是由团练屠杀引起的。
左宗棠对于陕西的民团十分反感，他认为陕西团练之设，名为弭乱，实为乱阶，推原其由，善良者畏事，绝不与闻；刁滑者喜事，争先恐后。迨至充为团练头目，吓诈乡邻，借端索求，又有无赖游民，每日支得口粮，百十成群，抢，劫成风，此风一炽，天下多事矣。如今岁关中回汉相杀，虽实回民滋事，实由汉人（地主团练）有以激之也。
陕甘地主团练四处飞递”灭回”传单，”各处见传单后，助粮助兵，有不从者仍以烧房杀戮为令。遂致回民居住不安，逃避无地，绝无生理，拼命相争。如同州府、咸阳、泾阳等县，乡团尽将城内回民男妇诛戮，房屋烧毁无存……遂致咸阳、同州各处有围城之举。传单所到之处，汉人（地主团练）先行攻打焚烧，倘遇回民噍类不留。未经旬日，陕西各处回民俱行激变。
当然左宗棠作为传统士大夫阶层，尽管对陕西民团所作所为十分不满，认为没有陕西民团所作恶事，陕甘两地回乱不至于闹到不可收拾之地。
他心中对回民也十分排斥，虽然认为陕西地方团练做得有些过火，但也没有为那些叛乱的回民伸冤的意思，在给吴可的信中字里行间杀气腾腾，可想而知他心中对于回乱是何想法了。
吴可对此也没什么，立场不同想法便绝然不同，他此时只能做好本分之事，至于左宗棠的想法他左右不了。
而除了回汉直接冲突之外，朝廷与伊斯兰教争夺回民主导权的门宦之争，也是导致这次大规模回乱的因素之一。
门宦来源于汉族的“宦门”“门阀”一词，是中国穆斯林的特有组织。它上有教主，道堂，下有清真寺，形成一个严密的组织。教主一呼百应，教徒唯命是从。门宦之间，各自独立，相互排斥，矛盾和冲突经常发生。
明末清初，随着甘肃回族聚居地区农业经济的发展和回族内部矛盾的激化，甘肃伊斯兰教内部产生了三大教派（格底目，依黑瓦尼，西道堂）和四大著名哈里发（虎夫耶门宦，哲赫忍耶门宦，嘎的林耶门宦和库不忍耶门宦）。
乾隆时代起首先在甘肃河州一带回民中出现了政教合一的哈里发国家。哈里发制度作为新的政治力量的兴起，改变了原来的政治格局和民族关系，派生出十分复杂的内外矛盾。
朝廷对门宦势力采取了严厉打击和极力压制的政策，这不仅表现在朝廷自乾隆以后竭力企图取缔回民的哈里发门宦组织，而且这一政策直接演化为大清王朝对整个回回民族的歧视和排斥。
这种粗暴的干涉政策激起了西北回民的激烈反抗，这样很自然将斗争的矛头指向朝廷，使回民有了一个共同的反抗目标。
随着伊斯兰教的发展和苏非主义在西北回族社会中的进一步传播，甘、宁、青地区的一些回族在远赴麦加朝觐期间接受并学习了新的伊斯兰教理论，回国后便积极传播，并得到广大穆斯林群众的热烈欢迎与支持，使得具有较高组织程度的各种门宦开始出现在回族社会中。
随着门宦的形成和门宦制度的发展与完善，回族社会内部又发生了巨大的变化，这个变化就是回族社会内部组织化程度的加强与提高。而这个变化过程所引发的社会整合使原有的社会关系发生了重大的改变。这种社会关系的改变在西北地区穆斯林民族的内部与外部都发生了重大的变化。