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出宫之后，阮元也找到了桂芳，将漕运之事与他做了交接，但漕运政务纷繁，一时却也不能尽数相告，无奈之下，阮元也只好议定归程之上，再行将漕运关要之处录下转交桂芳。正好这一日，那彦成入京述职，也正在部院之内与升了礼部尚书的胡长龄谈天，阮元和桂芳也一并到了礼部院中，同学师生四人难得相逢，也相互聊起数年来京中京外旧事。可是说起滑县之役，那彦成却也长叹了一口气，对阮元道：
“伯元，我又何尝不知，滑县那许多从逆百姓，大多本也是无知贫民，只是一时受人蛊惑，方才铤而走险呢？所以总攻滑县之前，我连续三次遣人到滑县城下，一再劝说他们归降，可最终却……也是将近两万人啊。我知道，其中大概三分之一也是受人裹挟，可剩下的，是真的拒不投降，竭力与官军死战，我又有什么办法呢？你或许不知，我额娘这几年年纪大了，也信佛，为了滑县这一仗，额娘和云仙终日吃斋祈祷，只求为我消除罪孽，我看着她们的样子，心里更不是滋味，可我……或许也是我能力有限，救不下那么多人了。伯元，如今我想起玛法临终之托，每日也是惭愧啊。”
“伯元，东甫遇上这种事，就算是我，也不清楚还有什么办法了。”胡长龄也感叹道：“我也清楚，那天理教每日宣讲之语，便是天劫将至，与官府相抗，便是应劫，便能入什么真空之乡，百姓受了这等蛊惑，许多人果真便不肯听官军劝降，最后就……事情发展到这个地步，也是我们文治之人，教化不足之故啊。”
“教化之事，咱们自然要尽力为之，可我还是想着，去年这一次，有这么多百姓竟公然与朝廷相抗，还是因为他们大多贫困，生计艰难，日子看不到希望啊。”阮元一边感叹，也一边对身旁的桂芳道：“香东，漕帅之职，虽说不涉治民，可漕粮督办，亦与百姓相关，若你做漕帅的能够严查帮费，如数清点漕粮，使之无失盗之虞，百姓加耗，自可减去不少，我这粮船量米捷法，已经刻在漕院之外石壁上了，剩下的，我再为你详加解释一番，你到了淮安，照着我的办法去做，应该不难。只是剩下的漕运积弊应该如何查办，也只能由你多加筹划了。”
“老师，学生这次督漕，自然……咳咳……自然尽力为之。”只是桂芳这时看起来却似有些疲惫，看来癸酉之变后参与军机，事务繁忙，他的身体已然不如往昔。
“香东，若是身子不好，还是安心先行调养才是，漕运更革是长策，不急于一时的。”阮元清楚桂芳虽是觉罗，可家境本不宽裕，也是自幼刻苦读书学习，积极参办政事，才有如今地位，是以看他体弱，也当即宽慰于他。
“伯元，你这次南下，我也一起随行吧，这样一来，我还能少寻条船呢，你说如何啊？”这时，胡长龄竟突然对阮元如此说道。
“西庚兄，你这……你不会是要致仕吧？”阮元看胡长龄模样，依稀猜出了他的想法，也当即对他劝道：“西庚兄，你如今已经是六部尚书了，咱们几个己酉科的朋友，除了东甫，也就是你做到一品了，你这为何……为何就要弃官不做了啊？”
“伯元，你怎么忘了，我也比你大上整整十岁啊。所以几日之前，我便向皇上上了致仕折子，这两日我把礼部的事交割完毕，也就该回去了。”胡长龄也不觉叹道：“我是真的年纪大了，这些年虽升了尚书，也清楚力不从心了。若是我继续待下去，那才是尸位素餐啊。哈哈，想起咱们几个刚刚中进士那会儿，是何等的意气风发，可如今，二十六年过来，我也真的老了啊，伯元、东甫，你们也……看来，以后的天下，是香东他们的天下了啊。”
只是想着二十年来，虽竭力任官治民，天下之状，改善却仍属有限，还出了天理教这样的事，阮元和那彦成心中也是各自叹息，不知前路竟会如何。
这日阮元结束了朝廷公务，方才回到衍圣公府，只见病榻之上，孔宪增面色苍白，双目无力，一旁侍奉的孔璐华望向自己时，神色亦是黯然，却也清楚，孔宪增染疾已深，或许过不得几日，便也是大限将至了。心中酸涩，忙轻趋到了卧榻之前，对孔宪增道：“岳父大人，小婿来迟了，小婿无能，公务不能及早清办，以至于今日方才重见岳父，还……还请岳父见谅。”
“伯元，真没想到啊，嘉庆元年杭州一别，如今时隔十八年，你我这一见，竟是生离死别啊。”孔宪增看着阮元神貌，也清楚他多年为官，尽心公事民情，面色亦是憔悴，再也不是当年意气风发的山东学政了。便向他宽慰道：“不过，我把璐华嫁给你，如今想来，也是幸事啊。璐华嫁了你十九年，你们夫妻二人，一直琴瑟相谐，她出嫁的时候，我总是担心她身子不好，万一染上什么病痛，可如何是好啊？你悉心照料璐华十九年，倒是……倒是我这个做岳父的要感谢你才是。而且，你为官事迹，璐华平日来家信也都和我讲了不少，你安抚浙江，百姓太平，督办漕运，能解民困，修书兴学，恩惠后世，应该说……能做你的岳父，是我最得意的事了。”
“爹爹，您要是累了，就好好歇息，我和夫子这几日，都会陪着爹爹的。”孔璐华看着父亲病危之状，也不觉啜泣道。
“璐华，伯元毕竟是朝廷命官，爹爹看来，还是公事为重啊。”孔宪增却对孔璐华笑道：“方才，朝廷里来的人也告诉我们了，伯元这也要尽快南下江西，去接任巡抚了，伯元这也加了光禄大夫，如此说来，皇上……皇上自然会继续重用伯元了。伯元，这几日有璐华回来陪我，我……我已经很满足了。你把京里的事办完，就赶快南下吧，切莫……切莫因为我的身子，真的让江西出了乱子啊。”
“岳父……岳父如此体谅小婿，小婿实在惭愧……”阮元眼看孔宪增对自己依然信任有加，一时心中难过，竟也落下泪来。
“伯元，其实我也知道，你啊，还是太要强了，有些事，你来求爹爹，求庆镕，我们都会帮你的。”孔宪增又对阮元安慰道：“我明白，你平日虽有养廉，可修书救灾，办理公务，开支却也不少。我也清楚，你绝非贪婪之人，朝廷的钱到了你手里，你每一分花得都用到了实处，百姓因你而受实惠，后学因你而能成学，那你用钱之事，就不用拘谨了。我也清楚，我孔氏一门，虽为圣裔，却也是与外人一般的肉体凡胎，或许本也不比外人高贵到哪里去，可是我们孔家，坐拥良田万顷，子弟不耕不织，便可安享家财，衣食丰足，平日想起这些，我……我也很惭愧啊。所以我也告诉庆镕，若是你需要用钱，我孔家必竭力相助，如此，咱们这些余钱，也算是用到了该用的地方啊。”
“岳父……小婿谢过岳父。”阮元伤感之下，也答应过了孔宪增。
随后，阮元也在衍圣公府住了三日，待胡长龄交割了礼部事务，便也与胡长龄、桂芳一并乘船，南下淮安、扬州，准备前往江西去了。船行方至山东，孔宪增的讣告便即到了阮元舟中。
而阮元将要收到的讣告，却远不止这一份。
七月之时，阮元在淮安与桂芳交割了漕院印信，便即继续南行，可桂芳这时已然有疾，入淮之后，不仅未能治愈，又染上了江淮疫病，竟然就此一病不起，英年早逝。次年，胡长龄也在归隐通州之后，患病去世。
桂芳去世之后，嘉庆只得再改任李奕畴为漕运总督，李奕畴办事尚属认真，一连数年，漕运皆能足数。但李奕畴比阮元年纪大得多，因年迈之故，始终无力更革漕运积弊。阮元整顿漕运的理想，也就这样无疾而终。
这日阮元在扬州与胡长龄告别，自送他东向通州而去，自己则登了岸，与孙星衍、焦循在家庙会面，一并去了盐运使衙门。盐运使阿克当阿告诉三人，经过两年刊刻，这时《全唐文》已经在盐运使衙门刻版完毕，即将刊行。《全唐文》共计一千卷，其中收录了唐朝及五代文章一万八千四百八十八篇，囊括作者三千零四十二人，实为清代总集编修一大成果。阮元作为总阅官参与其中，也为如此巨著尽了心力。此外，念及这一年江淮大旱，扬州也出现了不少灾民，阮元也向扬州府捐献了二千两银子，以供施粥之用。
回到家庙之中，阮元也时隔七年重新见了杨禄高一面。得知阮元早已官复原级，而且重得嘉庆重用，杨禄高也是老泪纵横，连声感叹阮元之不易。阮元也劝杨禄高安心调养，以度余年，只是阮元却也清楚，杨禄高已然年近八旬，病骨支离，这一次与他告别，只怕也是诀别了，想着童年之时，杨禄高带着自己走街串巷，为自己指点扬州风景时的快乐，心中也不觉伤感万千。